În ambalajele din carton pentru alimente, contaminarea încrucișată este o problemă majoră, în special când cartonul este reciclat. Sursele de contaminare includ cartonul în sine, cerneala tipografică, lacurile și alți aditivi din procesul de producție. De exemplu, metalele din cerneala reziduală a cartonului reciclat, parafina și rășinile din cartoanele cerate pot migra în alimente, la fel ca înălbitorii, coloranții și plastifianții.

Studii din Germania arată că peste 250 de substanțe din cartonul reciclat pot migra în alimentele uscate depozitate la temperatura camerei, iar hidrocarburile din uleiuri minerale folosite în tipărire sunt deosebit de periculoase.

De aceea, este recomandat cartonul din fibre virgine, fără tipărituri.

  Ambalajele din 4 straturi, care conțin polietilenă și aluminiu, trebuie folosite cu prudență, deoarece pot crește toxicitatea alimentelor dacă straturile vin în contact direct cu acestea. Totodată, ambalajele pentru alimente fierbinți, cum sunt cutiile de pizza sau pentru lapte pasteurizat, pot contamina produsele cu Bisfenol A, un compus nociv.